"Sync local -> remote"をするとインジケータが固まってしまう現象が起きました。
これはおそらくパーミッションの問題で、アップロードしたいファイルに書き込み権限を付与していないせいで起きます。
固まった場合、一度Packagesメニュー > Remote FTP > disconnect で切断した後、再度接続し、ファイルのパーミッションを直したあとでSync local -> remoteするとうまくいきます。
という内容のissueを報告しましたけど、かなりissue溜まってるからレスポンスは当分後になりそう。自分でPRするのが一番いいんでしょうけど。