今までWin-SCPを使ってサクラエディタでファイル操作していたのですが、常々できることならAtomを使いたいと思っていました（サクラエディタは好きですが、フォルダの階層を行き来しながらファイル操作するのが大変）。どうやらAtomを使ってリモートでファイル操作をするパッケージがあるようなので、それを使ってみます。
ローカルにプロジェクトファイルを作る
File > Open Folder から、適当なフォルダを開きます
例えば私の場合、ラズパイのprojectAというフォルダをリモート操作したいので、適当にローカルの"C:\Users\hoge\workspace\projectA"というフォルダを作成し、そのフォルダを開きました。
ftpconfigの設定
Packages > Remote-FTP > Create SFTP config file
すると.ftpconfigというファイルが開くので、それを編集します。
"protocol":"sftp" "host":"ラズパイのIPアドレス" "port":"SSHのポート番号（デフォルト22番）" "user":"ラズパイにログインするときのユーザ名" "pass":"ラズパイにログインするときのパスワード" "remote":"ラズパイの開きたいディレクトリを絶対パスで指定"
他はデフォルトでいいと思います。
例えば私の場合、
"protocol":"sftp" "host":"192.168.10.131" "port":"49999" "user":"pi" "pass":"raspberry" "remote":"/home/pi/projects/projectA/"
みたいにしました。
編集したら保存します。
ラズパイに接続する
Packages > Remote-FTP > Connect をクリックすると、接続を試みます。接続できたら「Connected」みたいなメッセージが出るはずです。
Connectedできてもラズパイのディレクトリ構造が表示されない場合、Packages > Remote-FTP > Toggleをクリックします。
ファイルを操作する
おそらく2つのトグル画面が表示されていると思いますが、
・左側がリモート（ラズパイ側）のフォルダ「/」
・右側がローカル（PC側）のフォルダ「Project」
になります。
リモート側のファイルをダブルクリックするとローカル側にファイルがダウンロード（コピー）されます。
リモート側のファイル（フォルダ）を右クリック > Downloadでも同じことができます。
ローカル側のファイルを自由に編集した後、保存すると自動でリモート側にアップロードされるようです。
